甲状腺过氧化酶，指甲状腺微粒体抗体结合的抗原部分。较多自身免疫性甲状腺疾病，如桥本甲状腺炎、慢性淋巴细胞性甲状腺炎，患者甲状腺抗过氧化酶抗体均可增高。

此外，身体中抗体为保护机体，消灭外来侵害病毒、细菌，但过氧化酶于机体平衡紊乱情况下，将自身作为攻击目标，形成自我攻击后，表现自身抗体过高，即抗过氧化酶抗体增高，则致甲状腺功能紊乱，发生相关甲状腺炎疾病。